Das wissenschaftliche Fazit am Ende der Grabung von St. Johannis lautet:
Die archäologische Boden- und Bauforschung in und um St. Johannis hat eine ununterbrochene, 2000 Jahre zurückreichende Baugeschichte nachgewiesen. Sowohl die Vorgängerin der heutigen Kirche als auch diese selbst waren Bischofskirchen und damit das Zentrum des frühmittelalterlichen Mainz. Die Dichte der Befunde und die Vielzahl der mehr als 500.000 Funde machen die Ausgrabung zu einem Brennpunkt der Stadtgeschichte – bislang ist das in dieser Art in Mainz nicht bekannt gewesen.
