Die Kirche war durch diese Maßnahme für die nächsten Jahrhunderte geteilt. Der Altarraum im Westen blieb weiter in der Hand des Stiftes St. Johannis, der Altar im Osten gehörte zu St. Viktor. Eine Klärung des rechtlichen Verhältnisses der beiden Stifte zueinander erfolgte allerdings nie.
Es kam regelmäßig bei Finanzierungsfragen zu Auseinandersetzungen zwischen den beiden Stiften. Die reicheren Stiftsherren von St. Viktor weigerten sich, den von St. Johannis geforderten Anteil an den Reparatur- und Unterhaltungsmaßnahmen zu übernehmen. Kam es ausnahmsweise – oft unter Anrufung der Bischöfe – doch zu einer Einigung, so wurden meist nur kleinflächige Ausbesserungen, beispielsweise am Dach vorgenommen, während die alte Bausubstanz weitgehend erhalten blieb. Ein für die heutigen Forschungen glücklicher Umstand.
Fachberatung Dr. Guido Faccani